又名无极殿,是青羊宫的主殿,始建于唐朝,重建于清康熙八年(1669年).三清殿基长四十米,为正方形,总面积一千六百平方米.外檐柱上雕刻着六合童儿、双狮戏球等艺术木雕,有一副贴金对联:“福地卧青牛石室烟霞万古,洞天翔白鹤蓬壶岁月千秋”。此联为原中国道教协会会长黎遇航所书。殿前左陈一钟、名曰“幽冥钟”,是明朝时铸造,重约三千多公斤。右配一应鼓,每逢初一、十五和吉庆大典便击鼓鸣钟,晨钟暮鼓,幽远清晰,给人以更加宁静的感觉。
三清殿内供奉的是道教最高极尊之神三清,即玉清元始天尊、上清灵宝天尊、太清道德天尊又称太上老君、太上道祖。大殿两边还塑有十二金仙,分别是:广成子、赤精子、黄龙真人、惧留孙、太乙真人、灵宝大法师、文殊广法天尊、普贤真人、慈航道人、玉鼎真人、道行天尊、清虚道德真君。
殿内共有三十六根大柱,其中木柱八根,代表着道教的八大天王;石柱二十八根,代表天上廿八星宿,即角、亢、氐、房、心、尾、箕、斗、牛、女、虚、危、室、壁、奎、娄、胃、昴、毕、觜、参、井、鬼、柳、星、张、冀、轸。此殿建筑宏伟而庄严,在全国尚属少见。