地势:卧龙自然保护区大的地貌单原属于四川盆地西缘山地,处于邛崃北部的东南麓,整个地势由西北向东南递减,皮条河从保护区的西南向东北将保护区分为两大块,河的西北部山大峰高、河谷深切,大部分山峰的海拔高度超过4000米。在西北部边缘沿巴朗山至四姑娘山、以及北部与理县接壤的山地,海拔高度均在5000米左右,构成了一道天然屏障。
超过5000米的山峰近百座,境内*高峰-四姑娘山高达6250米,为四川省第二高峰,皮条河的东南部,地势相对平缓,除个别山峰外,海拔一般不超过4000米,东南部中河及西河流域的大部分地区海拔在2000米以下,东部的木江坪海拔*低,仅1150米。
河谷形态:受地势的影响,保护区内的河流大体由西北向东南流,河谷形态多样,主要河流:皮条河、耿达河的河谷沿挤压性断裂带发育,两岸基岩松散,易被侵蚀,河谷不断加宽,形成阔谷,并常发育有五段阶地。其部分支流如**沟、银厂沟等由于河流沿张性断裂垂直下切,两岸基岩陡峭、形成峡谷。
在海拔3000米以上的上游谷地,沿冰川谷发育,上部形成"U"形谷,而下部受河流溶蚀切割,形成"V"形谷,组合成"︸"形得合谷。区内各主要河谷以上的山坡和山腰上,分布有四级剥蚀夷平面,其海拔高度分别为2000-2200米、2400-2500米、2800-2850米、3000-3100米,这些削蚀面虽面积不大,但地势平缓,有较厚的风化残坡积层,表层发育有黄棕色粉砂质厚土层,竹林生长茂密,形成多数大熊猫活动的核心区域。
山地形态:保护区内在海拔4000米以下的山地,属流水作用的中低山,由于受岩性的影响,山地形态多变,由结晶灰岩组成的,多形成峰林状山地;由砂质子板岩组成的,则形成典型的梳状山地;以脊呈锯齿状,远看似龙背,卧龙即因此得名。
海拔4000-5000米的山地为寒冻风化作用的高山,岩基**,多悬崖峭壁,其下部形成碎屑坡或倒石堆,并有古冰川遗迹分布,古冰斗亦分为四级,按海拔分别为4000-4200米、4350-4450米、4500-4540米、4620-4660米。部分地区冰川退却后,冰斗积水成湖,形成海子。海拔高度超过5000米的山地为终年被冰雪覆盖、现代冰川作用强烈的**山,主峰四姑娘山及大姑娘山、二姑娘山、三姑娘山均为金字塔形角峰,巍然屹立于保护区的西北边缘。