但是由于毛泽东晚年过分强调阶级斗争,在思想上,田家英和毛泽东产生了分歧。田家英向来敬重毛泽东,把他视为导师、父辈,正是因为他对毛泽东的爱之切,才对毛泽东的一些认识倾向忧心如焚,正是由于他不会“见机而作”,使他成为江青和陈伯达的眼中钉,进而他被安上了“篡改毛主席著作”的罪名。
那是1965年的寒冬,毛泽东再次来到杭州。该年12月他在杭州召集五位“秀才”:陈伯达、田家英、胡绳、艾思奇、关锋召开会议,要他们每人为一本马列经典著作写序,由于那天毛泽东的情绪非常好,便海阔天空地聊了起来,所聊的内容大大超过了写序的范围。毛泽东谈着谈着忽然又转移了话题,针对1965年11月的《文汇报》所载姚文元的《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》和12月8日的《红旗》杂志所载戚本禹的文章《为革命而研究历史》,毛泽东说了一段评论式的话,在他谈话刚一结束,陈伯达就把这事告诉了江青,于是原本只作为毛泽东随口而说的话却要整理出谈话纪要,于是这一任务便落在了田家英的身上。田家英看过纪要后,删去了毛泽东关于姚文元和戚本禹的那段评论式的话,此时的田家英完全是出于正气、正义而删的,不料他的这一举动却触怒了江青一伙,于是他们给田家英安了一个在当时足以置之于死地的罪名“篡改毛主席著作”。
田家英毕竟是一介书生,毛泽东和田家英在闲谈中曾戏言在田死后应立一墓碑,上书“读书人之墓”。田家英继承了读书人的好传统——好学敏思、忧国忧民、洁身自爱、不慕名利、以天下为任,以苍生为念,正是这种优秀的传统铸就了他新一代读书人的性格,即便革命成功身居高位也不曾异化为官僚政客,但是也正是因为这样,使他无法防御那些玩弄权术的小人,最终成为他们的牺牲品。
1966年5月,被逐出中南海的命令给田家英以沉重的打击,在他蒙受陷害时他以死相抗,他离世之际仅仅44岁。
1980年,田家英的冤案得以平反昭雪。