四川分站
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1905年8月19日，但懋辛由黄兴介绍，孙中山主盟，宣誓加入同盟会。20日，在同盟会成立大会上他被选为评议会评议员，成为同盟会*早的骨干。由于四川加入同盟会的人较多，大会决定成立四川分会，但懋辛负责宣传联络工作。
同盟会成立后，满清**鉴于革命活动中心在日本，会员又都是日本留学生，强烈要求日本**对中国留学生严加监管。经交涉，日本**于11月2日发布了《清朝留学生取缔规则》。12月6日，为**日本**限制中国留学生的自由，在东京各校的中国留学生举行**。作为同盟会的骨干，但懋辛佩戴纠察员的袖标维持****学生队伍的秩序。8日，因《日朝新闻》诬蔑中国人放纵卑劣，留学生陈天华愤而投海**。同伴的牺牲激起了中国留学生更强烈的愤慨，为**日本**对中国学生的**，中国留学生决定集体回国。同盟会组织留学生有序返程，但懋辛恪尽同盟会骨干的职责，送走了一批又一批留学生。12月下旬，在码头为熊克武、秋瑾等人送行时，但懋辛紧握熊克武双手发誓：“一定要以我们自己的力量来创办新式学校启迪国人的民族意识，向国民传授新知。”
不久，但懋辛回到上海，向熊克武传达同盟会总部的要求：以办学为掩护，在上海建立一个联络站，负责日本、上海和内地同志的联络接头工作。1906年2月，在熊克武、但懋辛和同盟会员的共同努力下，“中国公学”开学了。同盟会在上海的联络机关在这里设立，一些回国后失业的留学生在这里得到安置。6月，同盟会给但懋辛和熊克武一个特殊的任务，到上海西牢迎接因苏报案而坐牢的章太炎出狱。章太炎先生乍见两个素不相识的年轻人来接他有些疑惑，当得知是同盟会孙中山派来的人，立即笑逐颜开。但懋辛问章太炎出狱后的打算，太炎先生表示：“孙中山在哪里自己就去哪里”。但懋辛派两个同志把章太炎安全地送往日本，与孙中山相聚。清**对孙中山非常嫉恨。为了保护孙中山先生的人身安全，同盟会员们时刻注意对孙中山先生的保卫工作。不久，孙中山化名高野，乘法国邮船经上海去新加坡，但懋辛和熊克武布置了严密的保卫措施，并登船向孙中山先生汇报了国内同盟会活动的情况。以后根据工作需要，熊克武奉命回四川开展**斗争，但懋辛留在上海继续联络站的工作。
熊克武回到四川后建立了同盟会泸州分部，组织了泸州、成都、叙府起义。虽然屡起屡败，但百折不挠。在上海的但懋辛关注着四川，关心着战友，竭尽全力支持家乡的起义。1908年5月，同盟会从日本东京为四川革命党人购买了枪支弹药，因清**对革命党人搜查很严，但懋辛为运送武器做了细致周密的安排。这批武器成功地运到四川革命党人手中，为广安起义奠定了基础。
9月，但懋辛接受同盟会的命令与吴玉章联系，购买军*、组织**团，准备炸死江苏总督端方。但懋辛、黄复生、喻培伦等人从日本赴汉口，侦察端方的行踪。在湖北的革命党人孙武的帮助下，但懋辛和战友们对**的每一细节都做了周密的安排。然而端方十分警觉，改变了自己的行动路线，佯装要经汉口赴京，可到镇江后转回上海。他们追踪端方到上海，而端方又改乘轮船北上。但懋辛等人锲而不舍又追到北京。因北京是清**所在地，他们决定刺杀对象改为满清朝廷的重要大臣。为做掩护，他们在琉璃厂开了一家“守真照相馆”，由但懋辛在外主持馆务，喻培伦在内制造炸弹。12月，汪精卫也到了北京，几个人一起再次研究。他们计划炸奕匡、载洵、载涛，然而都没有成功，后来他们又把目标转向载沣。1909年2月21日革命党人在什刹海旁的甘水桥下埋炸药，不料被一个乘车人发现报警。汪精卫、黄复生被捕，但懋辛幸免于难，离开北京回上海。
5月，但懋辛、熊克武、吴玉章、井勿幕等人在香港学习制造炸弹，准备再次发动**。一天但懋辛、喻培伦与黄兴、胡汉民到怡园喝茶，黄兴提出：**清王朝大臣不能解决问题，孙中山也不赞成这样的做法，应另想办法。大家一起总结了历次斗争失败的原因，但懋辛提出，过去力量用的太分散，四川、两湖、江浙、两广、北京，一次次的行动，一次次的失败，不如集中力量在广州来一次大举。大家都同意但懋辛的意见，决定由黄兴、胡汉民找孙中山向华侨筹款，购买弹药，但懋辛和喻培伦回上海做准备。
