由于受山岭南北走向和北高南低地特殊地理环境的影响,亚丁稻城县自然保护区内汇集了温带植物区系,亚热带植物区系、中国-----日本植物区系和喜马拉雅植物区系。这种南北区系的交流与分布,造就了比青藏高原内部和云贵高原腹地更为复杂的植物种属。
从现有的资料分析,保护区约有维管束植物121科,430属,1118种;其蕨类植物20科,34属,103种;种子植物101科,396属,1015种。其中特有种属:长苞冷、急尖长苞冷杉、川滇冷苞、黄果冷杉、丽江杉、油麦吊杉、大国红杉、干香柏、滇油杉、旱冬瓜、柴、序鹅掌、扁核木、鞭打绣球、丛菔、滇黄苓、丝瓣芹、豹子花等;属国家二、三级保护**保护植物有玉龙、长苞冷杉、丽江铁杉、桃儿七、八角莲、四川牡丹、金铁锁等8种。
亚丁自然保护区的河谷基面*低海拔达2200米以上,已超出了常绿叶阔叶林的垂直分布范围。但因河谷地带降水量不高,气候偏高偏暖,河谷内仍广泛发育了干暖生境内的小叶、多刺的河谷灌丛,并占据着海拔3000米(阳坡可达3200米)内地带。主要优势种为白刺花、小角柱花、小叶帚花、黄花莸、以及金合欢、清香木、小业黄荆、香菜茶等。该垂直带内部分沟谷、谷坡凹槽地段常有稀疏的云南松林。