物种多样性:卧龙自然保护区曾与四川省南充师范学院生物系合作考察、收集植物标本达5000多号、20000多份,还鉴定出植物种类数近4000种;发现新种和变种10个,记录在案的高等植物有217科、814属、1989种,其中,苔藓植物174种,约占四川种数的8.29%,蕨类植物191种,约占全国种类数的8.3%,四川种数的20.0%,被子植物1604种,约占全国种数约6.6%,四川种数的18.98%。
**濒危植物:卧龙自然保护区内有****保护的**濒危植物245种,其中属国家一级保护有珙桐(Davidia involucrata Baillon)水杉(Metasequ oia glyptostroboides Cheng),二级保护的有伯乐树(Bretschneidera sinensis)连香树(Cercidiphyllum japonicum)光叶珙桐(Davidiainvolucrata var. vilmoriniana)香果树(Emmenopterys henryi)杜仲(Eucommia ulmoides)银杏(Ginkgo biloba)胡桃(Juglans sp.)四川红杉(Larix mas tersiana)水青树(Tetracentron sinense),三级保护的有:黄蓍(Astrgal us menbranaceus)黄连(Coptis chinensis)金线槭(Dipteronia sinensis)八角莲(Dyso** a versipellis)领春木(Euptelea pleiospermum)天麻(Gastrodia elata)厚朴(Magnolia officinalis)扇蕨(Meocheiropteris palmatopedata)黄薜(Phelloclendron amurense)垂枝云杉(Picea brachytyla)筇竹(Qiongzhuea tumidinoda)大叶柳(Salix magnifica)延龄草(Trillium tschonoskii)。
资源植物:卧龙自然保护区森林茂密,木材蓄积量近两千万立方米,有药用植物870种,是四川药材的重要产区,天麻、贝母、水母雪莲、黄芪等名贵药材产量丰富。有油脂类植物80种,淀粉及糖类植物42种,纤维类植物60种,单宁类植物42种,芳香类植物28种,此外,卧龙还出产大量的可食菌类、蕨苔,构成山珍野味的一部分。